Учёные НИЦ «Курчатовский институт» и ФИЦ «Биотехнологии» РАН восстановили геном бактерии, живая культура которой погибла больше десяти лет назад. Это нитчатый аноксигенный фототроф: микроб растёт длинными нитями и фотосинтезирует, но кислород при этом не выделяет. Он живёт в щелочной воде умеренной температуры.
Помогла метагеномика — анализ ДНК сразу всех организмов из природной пробы. Сохранённые в базе фрагменты стали отпечатком пальца, по которому бактерию искали прямо в озере. В Курчатовском геномном центре из тысяч длинных фрагментов ДНК выделили те, что принадлежат отдельным организмам. Один из собранных геномов совпал с утерянной культурой. Так его удалось восстановить, не выращивая бактерию заново.
Сравнение с родственными организмами показало, что находка относится к новому роду. Бактерию предложили назвать Candidatus Viridifilum namsaraevi. Candidatus — пометка предварительного названия. Вторая часть дана в честь микробиолога Баира Намсараева, который много лет изучал сибирские термальные источники.
По словам начальника лаборатории «Геномная фабрика» Курчатовского геномного центра Степана Тощакова, сочетание классического выращивания и метагеномики помогает изучать микробную «тёмную материю». Так называют организмы, которые трудно или невозможно вырастить в лаборатории.
Эта группа фототрофов — одна из древнейших, но полные геномы до сих пор были известны лишь для единичных её представителей. Новые данные помогут понять ранние этапы развития фотосинтеза. Кроме того, такие бактерии в некоторых экосистемах служат главным барьером на пути сероводорода в атмосферу. Их ферменты интересны и для биотехнологии.
Это фундаментальное исследование, работа опубликована в журнале FEMS Microbiology Letters.
